酵母雙雜交載體系統(tǒng)是在真核模式生物酵母中進(jìn)行的，研究活細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用，對(duì)蛋白質(zhì)之間微弱的、瞬間的作用也能夠通過(guò)報(bào)告基因的表達(dá)產(chǎn)物敏感地檢測(cè)得到，它是一種具有很高靈敏度的研究蛋白質(zhì)之間關(guān)系的技術(shù)。
大量的研究文獻(xiàn)表明，酵母雙雜交技術(shù)既可以用來(lái)研究哺乳動(dòng)物基因組編碼的蛋白質(zhì)之間的互作，也可以用來(lái)研究高等植物基因組編碼的蛋白質(zhì)之間的互作。因此，它在許多的研究領(lǐng)域中有著廣泛的應(yīng)用。
酵母雙雜交載體可以發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)的新功能
酵母雙雜交技術(shù)已經(jīng)成為發(fā)現(xiàn)新基因的主要途徑。當(dāng)我們將已知基因作為誘餌，在選定的cDNA文庫(kù)中篩選與誘餌蛋白相互作用的蛋白，從篩選到的陽(yáng)性酵母菌株中可以分離得到AD-LIBRARY載體，并從載體中進(jìn)一步克隆得到隨機(jī)插入的cDNA片段，并對(duì)該片段的編碼序列在GENBANK中進(jìn)行比較，研究與已知基因在生物學(xué)功能上的聯(lián)系。
另外，也可作為研究已知基因的新功能或多個(gè)篩選到的已知基因之間功能相關(guān)的主要方法。
例如:Engelender等人以神經(jīng)末端蛋白alpha-synuclein蛋白為誘餌蛋白，利用酵母雙雜交CLONTECHMATCHMARKERSYSTEM3為操作平臺(tái)，從成人腦cDNA文庫(kù)中發(fā)現(xiàn)了與alpha-synuclein相互作用的新蛋白Synphilin-1，并證明了Synphilin-1與alpha-synuclein之間的相互作用與帕金森病的發(fā)病有密切相關(guān)。
為了研究?jī)蓚€(gè)蛋白之間的相互作用的結(jié)合位點(diǎn)，找到影響或抑制兩個(gè)蛋白相互作用的因素，Michael等人又利用酵母雙雜交技術(shù)和基因修飾證明了alpha-synuclein的1-65個(gè)氨基酸殘基和Synphilin-1的349-555個(gè)氨基酸殘基之間是相互作用的位點(diǎn)。
研究它們之間的相互作用位點(diǎn)有利于基因治療藥物的開發(fā)。